À la frontière entre Merelbeke et Gentbrugge, les chemins de fer ont développé dès le XVIIIe siècle une importante gare de triage avec ateliers. Cela a entraîné une forte croissance démographique dans la région. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la gare de triage de Merelbeke était la deuxième plus grande de ce type en Belgique. Elle était donc une cible de choix pour les forces aériennes alliées.
Le premier bombardement majeur eut lieu le dimanche 5 septembre 1943. La messe dominicale à la chapelle Saint-Antoine venait de se terminer lorsqu'environ 70 bombardiers B-26 Marauder des 322e et 323e groupes de bombardement s'approchèrent de leur cible. Au total, 111 personnes furent tuées à Gentbrugge, Lede, Melle et Merelbeke.
Le pire était encore à venir, car au printemps 1944, les forces aériennes alliées lancèrent des raids de bombardement dans le cadre du « Plan Transport ». Ce plan prévoyait de détruire toutes les infrastructures ferroviaires majeures sur un large arc traversant le nord de la France et la Belgique afin d'empêcher le mouvement et l'acheminement des réserves et du ravitaillement allemands vers les futures plages du débarquement en Normandie. Les principales cibles belges prévues par ce plan étaient Courtrai, Merelbeke, Malines, Hasselt, Louvain, Haine-Saint-Pierre (près de La Louvière), Montzen (près de la frontière belgo-allemande) et Saint-Ghislain. Curieusement, Schaerbeek, probablement la plus grande gare de triage belge, ne fut pas bombardée.
Dans la nuit du 10 au 11 avril 1944, la RAF envoya son 6e groupe, composé principalement de Canadiens, à Merelbeke. Peu avant minuit, 122 Halifax et quelques Mosquito larguèrent leurs bombes. Merelbeke, Gentbrugge et Melle furent de nouveau touchées, et Zwijnaarde subit également de lourdes pertes. 428 personnes furent tuées et 286 grièvement blessées. Des rues entières furent réduites en ruines et des milliers d'habitants se retrouvèrent sans abri.
Exactement un mois plus tard, dans la nuit du 10 au 11 mai 1944, ils récidivèrent. Les dommages causés aux voies après le premier bombardement ne furent pas trop importants, et les trains recommencèrent à circuler une semaine plus tard. 116 bombardiers se rendirent à Gand, larguant environ 425 tonnes de bombes. Après le bombardement des 10 et 11 avril, de nombreux habitants se retrouvèrent sans abri et cherchèrent refuge ailleurs. D'autres familles préférèrent la sécurité et ne dormirent plus chez elles près de la gare. Malgré le fait qu'une fois de plus, plus de bombes tombèrent à proximité de la gare que sur elle, on ne déplora « que » 48 morts.
En 2004, Merelbeke, suivant l'exemple de Mortsel, a cherché à faire reconnaître les souffrances de ses habitants pendant la Seconde Guerre mondiale. En juillet 2004, le bourgmestre a reçu cette reconnaissance lors d'une cérémonie au Palais royal. La même année, de nombreux projets commémoratifs ont été lancés pour perpétuer la mémoire 60 ans plus tard.
Le mémorial situé à l'entrée du cimetière, derrière l'église de Merelbeke, rend hommage aux victimes des bombardements de cette commune. De nombreuses tombes de victimes, parfois de familles entières, se trouvent encore dans le cimetière.
Pour ceux qui sont plus intéressés, nous recommandons le livre « Le drame de Merelbeke : des centaines de civils meurent lors des bombardements alliés » de Katrien Arnaut (Uitgeverij De Klaproos, Bruges, 2007 ; ISBN 90 5508 092 2, troisième édition révisée, 2016). Ce livre aborde moins les bombardements eux-mêmes que leurs conséquences pour les habitants de Merelbeke. Il contient des dizaines de témoignages de personnes prises au piège et des centaines de photographies des conséquences.
